为什么不先对一个基因做预测，在预测的结果上直接做共定位？
不同的预测网站有不同的计算方法，同一个基因在不同的预测网站也可能得出不同的定位结果。另外所有的结果都应是基于实验得到的，对于不清楚可能定位在哪里的基因，一般推荐先做普通定位，根据普通定位的结果再决定做哪种细胞器的共定位。
为什么有的基因做原生质体转化时荧光蛋白不亮？
不同物种的细胞可能对基因表达有影响，当在一种材料的原生质体中观察不到荧光时，可以考虑换一种受体材料。另外，如果是分泌蛋白，在原生质体中无法观察到荧光，此时可以考虑注射叶片来观察荧光。
拍摄时为什么有明场通道？
（1）显示细胞状态，有活力的原生质体细胞应该是饱满圆润的，变形或破碎的细胞说明此时细胞不是适状态或细胞已。
（2）显示荧光确实是细胞内蛋白表达的，而不是细胞碎片及杂质产生的杂光。
亚细胞结构分离定位法
通过离心等技术分离各亚细胞结构，然后从分离物种进一步提取蛋白质，对目标蛋白质进行分析或检测，从而获得目标蛋白的定位。本方法适合研究某蛋白质组级别的细胞器定位，通常与双向凝胶电泳分离和质谱技术相结合。
生物信息学预测
通过生物信息学手段，借助一些在线工具对蛋白的亚细胞定位信息进行预测，这种方法可以在短时间获得大量蛋白的预测信息，不仅辅助于实验，还能省时省力节约成本。
亚细胞定位是指在细胞内定位蛋白质、基因或其它分子元件的过程。通过亚细胞定位，可以了解这些物质在细胞中的具体位置、作用和相互关系。在植物细胞中，亚细胞结构包括细胞核、线粒体、叶绿体、质膜、细胞壁等。通过对洋葱细胞的亚细胞定位，可以揭示洋葱中生物活性物质在各个亚细胞结构中的分布情况。
洋葱的亚细胞定位通常采用荧光技术或绿色荧光蛋白标记技术。荧光技术是一种基于抗原-反应的定位技术，通过标记特异性，将目标物质与荧光标记结合，从而对其进行定位。绿色荧光蛋白标记技术则是一种将目标基因与绿色荧光蛋白基因融合，通过观察绿色荧光蛋白的表达情况来定位目标基因的技术。
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