DNA 探针为原位杂交提供较高的灵敏度。与RNA探针相比，DNA探针与靶mRNA 分子的杂交强度较弱，因此在杂交后的洗涤中不应使用甲醛。
探针特异性至关重要。如果已知细胞中mRNA或DNA的确切核苷酸序列，则可据此设计高度的互补探针。如果超过 5% 的碱基对不互补，那么探针只能与靶序列发生轻度杂交。这意味着，探针更容易在洗涤和检测步骤中被洗去，可能无法正确检测。
原位杂交技术的应用领域
原位杂交技术在医学、农业和工业等领域都有广泛的应用。在医学方面，原位杂交技术可用于检测癌细胞、病毒和细菌等致病微生物，帮助医生制定的诊断和方案。在农业方面，原位杂交技术可用于基因定位、品种鉴定和遗传育种等领域，提高农作物的产量和品质。在工业方面，原位杂交技术可用于检测基因工程产品中的外源DNA，保证产品的安全性和稳定性。
荧光原位杂交（Fluorescence In Situ Hybridization，FISH）是在性原位杂交技术基础上发展起来的一种非性分子生物学和细胞遗传学结合的新技术，是以荧光标记取代同位素标记而形成的一种新的原位杂交方法。
FISH技术具有许多优点，如非性、高特异性、高灵敏度、快速简便、可多重染色等。这些特点使得FISH技术在细胞生物学和临床医学领域得到了广泛应用，例如用于研究基因表达、基因组变异和染色体异常等。
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