原位杂交技术可以应用于以下场景：
组织中病毒DNA/RNA的检测和定位。例如，可以用于检测EB病毒mRNA、人类状瘤病毒和巨细胞病毒DNA等。
癌基因、抑癌基因及其他各种功能基因在转录水平的表达及其变化的检测。
检测染色体的变化，如染色体数量异常和染色体易位等。
在植物基因组研究中的应用。例如，通过与特定基因序列的探针进行杂交，可以在植物染色体上定位到目标基因的位置，进而构建遗传图谱，为植物育种和基因组研究提供基础数据。
植物原位杂交在遗传育种方面的应用主要包括：
异源染色质及多种染色体畸变检测：通过远缘杂交把有用遗传物质基因的异源染色质渐渗到植物中。如带有几种抗病基因的黑麦1R染色体已被整合到许多高产的小麦品种中。原位杂交技术则是鉴定外源染色体(质)的有效手段。
基因组印记研究：基因组印记是指一个基因的两条染色体上的DNA序列存在差异。通过植物原位杂交技术，可以检测到基因组印记的存在和分布，从而帮助确定基因组的进化、遗传和功能特征。
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