为什么有的共定位图片中叶绿体通道是玫红色？
在拟南芥、、玉米、大麦、小麦等材料中，种植培养苗子时是正常接受光照的，叶片中含有大量叶绿体，而叶绿素在640nm左右的激发光下可产生红色的自发荧光。当在这些含叶绿体较多的受体材料中做共定位实验时，共定位marker一般为红色荧光（在560nm左右的激发光下），实验及共聚焦拍摄时两个波长通道的荧光互不影响，但视野下看着比较混淆，尤其叠加后二者不易分清，因此只是在颜色显示上将叶绿体自发荧光设置为玫红色，以显示和共定位marker的区别。
为什么有的基因定位结果与预想的不一致？
对于一个特定的定位载体，只要荧光表达较好，其定位结果是确定的，不会随人为意愿或操作而改变。至于有时候和预想的结果不一样，可能和蛋白本身、选择的表达载体以及荧光蛋白融合方式等有关。
为什么有的普通定位结果出来后无法准确判断其定位位置？
细胞中的细胞器复杂且多样，除一些常见的、特征比较明显的细胞器外，有些细胞器在激光共聚焦下形状比较相似，例如：线粒体、过氧化物酶体、高尔基体等细胞器，它们的荧光表达形状可能都是点状，因此不易区分。这时可以结合基因的其他功能研究来判断其可能表达的位置。另外，蛋白表达本身也是一个复杂的过程，涉及到多个合成场所及转运过程，自身表达情况可能比较复杂，因此不易判断具体的表达位置。
亚细胞定位操作步骤
1、通过一些在线网站预测亚细胞定位
2、亚细胞定位载体构建
（1）引物设计：利用引物设计软件，根据pEGP-MCS-N1或pEGP-C1-MCS的酶切位点设计目的基因引物。
（2）载体构建：将PCR产物酶切后插入pEGP-MCS-N1或pEF-C1-MCS，得到表达目的基因与EGP融合蛋白质的真核表达载体。
3、细胞转染
当细胞生长到对数生长期时，接种到共聚焦显微镜的玻璃底培养皿（35mm petri dish，10 mm Microwell）中，培养过夜。当细胞贴壁率达到30%~50%时，将融合绿色荧光蛋白GFP的重组载体质粒和目标细胞器质粒共转染细胞。37℃孵箱培养24~72h。
4、激光扫描共聚焦显微镜观察
将上述细胞分别在24、36、48、72h的时间点，根据实验需求选择对应激发波长（常用405nm、488nm和561nm），使用共聚焦显微镜观察，采取图像。
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